ארכיון הכולל למעלה משלושים מסמכים, ובהם מכתבים ששלח רבי יעקב אלישר, ומכתבים שקיבל מרבנים. רוב המסמכים מהשנים תרנ"ג-תרס"ב [1893-1903].
מאפיינים ייחודיים: הארכיון כולל פסק דין בחתימתו, מכתבים ששלחו אליו רבנים ממקומות שונים, בהם רבי אברהם פאלאגי' מאיזמיר, רבי ישמעאל הכהן מצפת, רבי יוסף דוד אבואלעפיה מצפת, רבי רחמים יוסף פרנקו מחברון, מכתבים מקושטא, מבומבי ועוד.
בין המסמכים בארכיון:
*מכתב פניה לתומכי בית ועד הכללי בירושלים, נדפס על נייר רישמי של ראש הרבנים באה"ק (-הרב יעקב שאול אלישר) עם חותמתו. הפניה נכתבה בשלוש שפות: עברית, צרפתית ולאדינו, בחתימה בדפוס של רבני ירושלים ופקידי בית הועד הכללי, נוספה חותמתו של הרב אלישר החכם באשי, וחותמת כוללות ועד הספרדים בירושלים.
*פסק בית דין משנת תרנ"ה, חתומים רפאל יצחק ישראל, אברהם ב"ר שלמה מבורך, מרינו דניאל… ואחר כך שתי שורות בכתב יד הרב אלישר, בחתימת ידו ובחותמתו.
*מכתב להרב אלישר מאת רבי יוסף מאמן מטבריה, פסח שני, תר"ס [1900] בכתב ידו ושתי חתימות מסולסלות שלו. בתחתית המכתב נוספו שורות בכתיבת וחתימת רבי משה אהרן ידיד. מצורפת המעטפה שנשלחה עם כיתוב וחתימת הרב ידיד עם שבחים מרובים לכבוד הרב אלישר.
*מכתב מאת רבי חזקיה שבתאי, יפו, תרס"א [1900]. נייר רשמי, כתב ידו וחתימת ידו, עם המעטפה המקורית, ועליה כתיבת יד של הרב אלישר. הרב חזקי שבתי 'חכם באשי ביפו' חיבר את הספר דברי חזקיה.
*מכתב מאת רבי אברהם פאלאג'י להרב אלישר. תרנ"ג. כנראה הכל בכתב ידו. בחתימת ידו ובחותמתו. רבי אברהם פאלאג'י בנו של רבי חיים פאלאג'י מילא מקום אביו כרבה הכולל של איזמיר, וחיבר אף ספרים רבים: פדה את אברהם, ברך את אברהם, שמו אברהם, ויסף אברהם, והוכיח אברהם ועוד. מכתבים ממנו לא מצויים, ובמיוחד עם חותמתו.
*מכתב מאת רבי יוסף דוד אבואלעפיה (אבולעפיה) מטבריה, לרבי יעקב שאול אלישר. [תרנ"ה?] חתימת ידו וחותמתו. רבי יוסף דוד אבולעפיה נולד בסופיה, היה מחכמי דמשק, ועלה לטבריה וכיהן בה כרב משנת תרמ"ג, נפטר בשנת תרנ"ח.
*מכתב מרבי ישמעאל הכהן אל הרב אלישר. תרנ"ג. מכתב ארוך כולו בדברי תורה ששלח רבי ישמעאל הכהן מצפת להרב אלישר, כנראה הכל בכתב יד, ובחתימת ידו. רבי ישמעאל הכהן נולד בפרס והיה ראש הרבנים בצפת ובתיירא. בתשובה מזכיר קונטרס הלכתי ששלח אליו הרב ישא ברכה, בספר ישא אי"ש להרב אלישר (חלק אבן העזר, סימן טו) יש חליפת מכתבים בין שני הרבנים. והמכתב שלפנינו לא נדפס שם.
*מכתב מרבי רחמים יוסף פרנקו מחברון לרבי יעקב שאול אלישר, תר"ס [1900]. מכתב בכתב ידו בחתימתו ובחותמתו עם המעטפה המקורית. רבי רחמים יוסף פרנקו (המכונה החרי"ף), בשנת תרל"ח התמנה לרב העדה הספרדית בחברון.
* מכתב מרבי רחמים יוסף פרנקו מחברון לרבי יעקב שאול אלישר. מכתב בכתב ידו בחתימתו ובחותמתו עם המעטפה המקורית מכתב מלא ברכות שנשלח כמענה למכתב ששלח לו הרב אלישר. במכתב כותב אודות הרשע פנחס יש"ו (-ימח שמ וזכרו) שדרש ברבים בענין עלילת… ושמע הפחה, והרב מתפלא מדוע לא להשתדל לגרשו.
רקע: רבי יעקב שאול אלישר, שנודע בכינוי 'היש"א ברכה' נולד בצפת בשנת תקע"ז 1817, התייתם בילדותו, והתגורר בירושלים, בשנת תרי"ג הוסמך לדיינות וכיהן בתפקיד זה עד לכהונתו כראשון לציון. בשנת תרט"ו 1855 יצא בשליחות רבני ירושלים לאלכסנדריה שבמצרים, כדי לפעול לביטול החלטת הקהילה היהודית שלא לקבל שדרי"ם מישראל. לאחר שהצליח בשליחותו, התבקש לשמש כרב הקהילה בעיר, אך סירב. בשנת תרכ"ט 1869 החל לשמש כאב בית הדין בירושלים.
בשנת תר"ם 1880 ויתר על משרת הראשון לציון לטובת מחותנו, רבי רפאל מאיר פניז'יל. לאחר פטירת הרב פניז'יל, הוכתר בשנת תרנ"ג 1893 למשרת הראשון לציון, בטקס שנערך בבית הכנסת על שם רבן יוחנן בן זכאי בירושלים. במישרה זו כיהן במשך 13 שנה עד לפטירתו. בשנת 1889 עמד בראש נציגות היישוב היהודי בירושלים בקבלת פני קיסר גרמניה וילהלם השני, יחד עם רבי שמואל סלנט ורבי אליהו מני, ואף קיבל ממנו עיטור. נפטר בשנת תרס"ו 1906. חיבר ספרים רבים שבשמותם ראשי התיבות של שמו אי"ש: שנחה לאי"ש, מעשה אי"ש, דרך אי"ש, דברי אי"ש, עולת אי"ש, שאל האי"ש, כבוד לאי"ש ופני אי"ש. על שמו שכונת גבעת שאול בירושלים.
מצב: מצבים וגדלים שונים. כללית מצב טוב.